内分泌系统与神经系统一样，也是人体极其要的整个系统之一，其统帅部是下丘脑和垂体，统辖人体各部分内分泌腺。随着内分泌学的发展，新激素不断被发现，新概念不断被提出，许多气功现象可以得到解释。

1.气功注重意念的引导作用，要求意气相随，达到精、气、神合一。在内分泌新概念中，神经与内分泌是密切联系、不可分割的。在二者之间，下丘脑是关键和枢纽。下丘脑中的神经内分泌细胞，具有神经元和腺细胞双重特征。神经末梢产生神经递质，中枢神经递质主要通过与影响下丘脑释放（或抑制）因子，调节垂体激素的分泌。

通过气功锻炼，开发大脑的潜力，改善内分泌功能，进而调节机体的新陈代谢，从而使机体不断产生和贮存新的生命能量，增强人的生命力，这样就达到了精、气、神合一的目的。有人已提出“精”相当于激素的概念（周世民：《道教内功内丹术》)，如果得到科学实验的证实，就将成为精、气、神合一的生理基础。

2.人体特异功能——如大脑显像、透视和遥感，与松果体有密切关系。松果体分泌松果腺素，科学家对松果体组织切片作显微分析，发现其中有退化了的视网膜和感光细胞。

西德马岗查大学的三位神经科教授通过生物试验发现，松果体内存在着对磁力线有接受能力的磁敏细胞；英国曼彻斯特大学阿·罗宾·贝克教授发现，在某些人的松果体前方有一个生物磁场，这个磁场在天目穴与松果体之间，有特异功能的人，这个部位像一个荧光屏，通过气功锻炼，激发及强化松果体功能，是“开天目”产生特异功能的生理基础。

3.气功师在瞬间爆发出神奇的力量与“应激反应”的产生机制有相似之处。不同的是，气功发功是主动的，并且通过功力把能量调集到特定的部位。

其过程可能是在中枢神经的引导下，通过脑垂体，发挥有关的内分泌腺如甲状腺、肾上腺的激素分泌功能，提高机体的基础代谢率，促进能量的合成、分解和释放，同时调整体液循环，协同人体各种组织的功能，共同完成硬气功的惊人效果。

4.科学家对气功家的生化指标进行了多方面的观察，发现他们的催乳素浓度提高，去甲肾上腺素浓度降低。这些变化可使蛋白质更新率降低，延长细胞的生存时间，从而延缓了人体的衰老过程，为练功延年益寿提供了可靠的依据。

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