1.理论与实践（包括实验）的统一。在常态科学里，由实践中得来的知识，是零散的、局部的知识，理论则是通过思维加工（包括运用逻辑的与数学的运算）得到的完整的反映事物实质的知识。理论与实践有着密切联系，但两者在知识的整体性方面是对立的。在气功科学里，由于超常智能可以得到事物的整体性认识，因而使两者的对立消失了。

2.理性知识与经验知识的统一。现代科学所说的理性知识，指有着严格的因果关系，并且能够用逻辑推理或数学运算来确定这种的关系因果序列。一个理论或对事物的认识，具有这样的严格联系就是符合理性的，否则就不是。所谓经验知识，是一种不能用数学或逻辑表达的“不可言传的知识”。很多能工巧匠的技术或文化素质不高的人们的高级发明创造，都属于这一范畴。这两种知识在现代科学知识体系中，具有一定的对立性。在气功科学看来，任何事物的本质特性，都是它自身整体性的体现，而这种整体性的联系，可以通过它本身具有的逻辑或数学关系认识它，也可以通过反复接触来逐步感知到它的整体规律。两者的差别只在于后者难以言表，不能使更多的人领会与掌握。智能气功科学可以使人很快学会运用超常智能，因而能把经验得到的整体性认识用完整的理论表达出来，从而使两者得到统一。